当用户发现无犯罪记录证明上有犯罪记录时，可以按照以下步骤处理：
一、核实记录的真实性
首先，需要仔细查看记录内容，确认是否存在错误信息。错误可能由于信息录入失误、同名同姓导致的混淆等原因造成。用户可以向出具证明的公安机关提出查询申请，要求其对记录来源、相关案件详情等进行详细说明和核查，以确认记录的真实性。
二、申请更正
如果经过核实，确认记录确实属于错误，用户应准备好相关证明材料，如身份证明、能证明自身无相关违法犯罪行为的证据（如不在场证明、证人证言等），向公安机关提交书面申请，请求对错误记录进行更正。公安机关会按照规定程序进行调查和处理，如果确认记录错误，会及时更正错误信息，并删除该犯罪记录。
三、寻求法律救济
如果公安机关拒绝更正或用户对处理结果不满意，可以根据具体情况，依法向上级公安机关或相关监督部门进行申诉、复议。如果申诉、复议仍不能解决问题，用户还可以通过行政诉讼等法律途径来维护自身的合法权益，确保无犯罪记录证明的准确性和公正性。
注意事项
区分犯罪记录与行政违法记录：无犯罪记录证明通常不包含行政违法记录，如一般的治安处罚记录。犯罪记录是指因触犯刑法，被人民法院依法判处有罪的相关记录。
了解拘留类型：被派出所拘留不一定算有犯罪记录。行政拘留是一种行政处罚，不涉及犯罪记录；而刑事拘留如果后续经法院审判被判定有罪，则会留下犯罪记录。
及时咨询专业法律意见：在处理此类问题时，如果用户感到困惑或无法自行解决，建议及时咨询专业的法律人士或机构，以获取更准确的法律建议和帮助。
综上所述，当用户发现无犯罪记录证明上有犯罪记录时，应先核实记录的真实性，然后申请更正，并在必要时寻求法律救济来维护自身的合法权益。