投标文件只有单位盖章，在某些情况下可能会被否决其投标。以下是对此问题的详细分析：

法律法规依据

根据《中华人民共和国招标投标法实施条例》第五十一条的规定，投标文件未经投标单位盖章和单位负责人签字的，评标委员会应当否决其投标。这是法律法规对投标文件盖章要求的明确规定。

招标文件规定

1. 实质性要求：若招标文件明确将投标文件需盖章作为实质性要求，并规定未盖章将导致投标被否决，那么投标文件只有单位盖章而未满足其他要求（如单位负责人签字等）时，其投标很可能会被否决。

2. 非实质性要求：若招标文件未将盖章列为实质性条款，或者未明确规定未盖章的后果，那么评标委员会在评判时可能会考虑投标文件的其他方面。然而，即使在这种情况下，如果未盖章导致文件的真实性、合法性或完整性存在疑问，或者影响了对文件的理解和评审，投标文件仍然有可能被否决。

其他考量因素

除了法律法规和招标文件规定外，评标委员会在评判投标文件时还会考虑其他因素，如文件的完整性、有效性以及投标人的信誉等。如果投标文件只有单位盖章而缺乏其他必要的证明文件或信息，或者投标人的信誉存在问题，那么其投标也有可能会被否决。

结论与建议

综上所述，投标文件只有单位盖章是否会被否决其投标，取决于具体的法律法规、招标文件规定以及其他考量因素。为避免投标被否决，投标人应仔细研读招标文件要求，确保了解所有关于盖章和其他要求的规定，并严格按照要求准备和提交投标文件。同时，投标人还应注重维护自身的信誉和声誉，以提高投标成功的可能性。

如果您在投标过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。