普通发票作废对公司是否有影响，主要取决于作废的时机、是否符合相关规定以及作废的频率。以下是对此问题的详细解答：
一、合规的发票作废及其积极影响
避免税务风险：
- 当发票出现开具错误（如金额、税率、购货方信息填写有误）、交易取消或销售退回等情况时，及时作废并重新开具正确的发票，是确保会计核算准确性和税务申报真实性的重要措施。
- 合规的作废能有效避免因错误发票导致的收入、成本核算不准确，从而规避多缴或少缴税款的潜在风险。
保障交易双方权益：
- 对于购买方而言，取得合法、准确的发票是其进行成本列支的依据。因此，及时作废并重开正确发票，维护了购买方的合法权益，也促进了良好的商业合作关系。
二、违规的发票作废及其严重后果
触发税务监控与预警：
- 税务机关对企业的发票使用情况实施严格监控。若企业频繁作废发票、大量作废发票，或存在恶意作废发票、跨月作废等违规行为，将极易触发税务机关的风险预警机制，进而被列为重点监控对象。
- 这可能导致税务机关对企业进行深入的纳税评估或税务检查，增加企业的税务管理成本和风险。
影响纳税信用等级：
- 企业的纳税信用等级是税务机关根据其纳税遵从度等多方面因素综合评定的结果。
- 频繁作废发票或违规作废往往被视为企业财务管理不规范、纳税遵从度较低的表现，这将直接影响企业的纳税信用等级评定。
- 一旦纳税信用等级降低，企业在发票领用、税收优惠享受、银行贷款等方面都可能受到诸多限制。
面临税务处罚：
- 如果税务机关在检查中发现企业存在通过恶意作废发票以达到少缴税款目的的行为，将被认定为偷税。
- 根据相关法律法规，此类行为将面临税务机关追缴不缴或少缴的税款、滞纳金，并处以不缴或少缴税款一定比例的罚款。
- 情节严重者，甚至可能被依法追究刑事责任。
三、建议与合规措施
建立健全发票管理制度：
- 明确发票开具、作废、重开的流程和规范，确保发票管理的合规性和规范性。
加强财务人员培训：
- 提高财务人员的税法意识和业务水平，确保他们能够准确理解和执行发票管理的相关规定。
定期自查和审计：
- 定期对发票使用情况进行自查和审计，及时发现并纠正存在的问题，降低税务风险。
谨慎操作：
- 在开具发票时应仔细核对信息确保准确无误，以减少作废的需求。同时，对于需要作废的发票，应严格按照规定进行作废处理。
综上所述，普通发票作废对公司是否有影响取决于操作的合规性。企业应严格遵守相关法律法规和发票管理办法的规定，确保发票管理的合规性和规范性，以维护自身的合法权益和良好的商业信誉。