排污许可证的办理是由生态环境部门负责的。具体来说，排污单位需要在全国排污许可证管理信息平台（网址为：http://permit.mee.gov.cn）进行申请。以下是详细的办理流程：
注册账号：首先，排污单位需要根据平台指引注册一个排污单位账号。如果忘记密码，可以通过企业绑定的手机号找回；若变更绑定手机号或忘记所绑定的手机号，可以联系所在地生态环境部门进行修改。
选择业务类型：业务类型包括首次申领、重新申请、变更申请、延续申请、补办申请等。排污单位应根据自身实际情况选择需要办理的业务类型。
填报信息：接下来，排污单位需要按照《排污许可证申请与核发技术规范 总则》以及对应行业的排污许可证申请与核发技术规范等文件要求，填报排污许可证申请表，并上传相关附件材料。排污单位需确保申请材料的完整性、真实性和合法性。
申请前信息公开：对于实行重点管理的排污单位，在首次申请或重新申请排污许可前，需要将承诺书、基本信息以及拟申请的许可事项向社会公开，公开时间不得少于五个工作日。
提交申请：在平台上完成排污许可证申请表的填报后，提交申请。
审核：市级生态环境部门收到企业提交的排污许可证材料后，会组织专业人员进行审核。审核通过的，即发放排污许可证；审核未通过的，会退回企业修改，直至修改合理后再发放。
发证与领证：排污许可证通过审批后，会先发放电子版，之后再发放纸质版正副本。排污单位可以通过邮寄或现场领取的方式领取排污许可证。
另外，如果排污单位有两个及以上生产经营场所排放污染物的，需要分别向生产经营场所所在地的审批部门申请取得排污许可证。
总的来说，排污许可证的办理流程相对规范且明确，排污单位只需按照上述步骤逐一完成即可。如有任何疑问或需要进一步的帮助，可以联系当地生态环境部门或访问全国排污许可证管理信息平台获取更多信息。