在处理有纠纷的宅基地确权问题时，需要遵循一系列有序且明确的法律程序和原则，以确保纠纷得到公正、合理的解决。以下是对整个流程的详细解答及建议：

首先，明确宅基地使用权纠纷的定义。宅基地使用权纠纷主要围绕宅基地的使用、归属及相关衍生问题展开，可能涉及到宅基地的实际使用人认定不清、相邻宅基地之间的边界划分模糊，或者宅基地的转让、继承等过程中出现的问题。

针对这些纠纷，可以采取以下步骤进行确权：

一、初步确认与协商

1. 查看相关的土地使用权证书或宅基地使用证，以明确宅基地的合法使用权人。若证书丢失或存在争议，应及时向当地土地管理部门申请补办或进行权属确认。
2. 纠纷双方应首先尝试自行协商，基于平等、自愿、合法的原则，就宅基地的使用边界、归属等问题达成一致。协商过程中，可邀请专业的测量机构进行实地测量，并制作详细的地图和界址点坐标表，以确保边界清晰无争议。

二、申请调解与行政处理

1. 若协商无果，当事人可向当地的村民委员会或乡镇人民政府申请调解。这些机构会依据相关法律法规、风俗习惯等进行居中调解，努力促成双方和解。
2. 若调解仍无法解决问题，当事人可向县级人民政府土地管理部门提出宅基地确权申请。土地管理部门会受理申请，并进行调查取证、审核与公示等程序。公示无异议或异议不成立后，由县级人民政府批准，土地管理部门为权利人颁发不动产权证书。

三、司法途径

1. 若对行政确权结果不服，当事人在规定期限内可向人民法院提起行政诉讼，由法院对宅基地确权的合法性进行审查并作出判决。
2. 对于属于民事争议范畴的纠纷，如宅基地侵权等，当事人也可直接向人民法院提起民事诉讼，通过司法判决确定宅基地的权益归属。

在处理过程中，建议当事人保持冷静和理性，积极举证和质证，以确保自己的主张得到充分支持。同时，应始终遵循法律法规和政策规定，尊重历史事实和相邻关系和谐的原则。

综上所述，处理有纠纷的宅基地确权问题需要综合运用协商、调解、行政和司法等多元途径。通过这些途径的有机结合和灵活运用，可以有效解决宅基地确权纠纷，维护当事人的合法权益，促进社会的和谐稳定。