当部队发票丢失时，应按照以下步骤进行补办和处理：

一、立即报告税务机关

使用发票的单位（包括部队）和个人在发现发票丢失的当日，必须书面报告给税务机关。这是根据《中华人民共和国发票管理办法》及其实施细则的规定来执行的。报告的方式可以是上门申请、网上申请或移动终端申请。

二、填写发票挂失损毁报告

1. 登录税务系统：通过企业身份进入税务系统的“我要办税”模块。
2. 选择报告类型：在“综合信息报告”中选择“特定涉税信息报告”，然后点击“发票挂失损毁报告”。
3. 填写相关信息：点击“新增”，填写丢失发票的相关信息，包括挂失类型（如“丢失”、“被盗”、“损毁”）和缴销类型（如“空白发票丢失、被盗”、“已验旧发票存根联丢失被盗”等）。
4. 上传附报资料：根据系统提示，上传必要的附报资料。
5. 提交报告：确认所有信息填写无误后，点击“提交”完成报告。

三、后续处理

1. 税务机关处理：税务机关在收到报告后，会按照规定进行处理。如果发现有违反发票管理规定的行为，将依法进行处罚。但如果能证明丢失发票是对方或第三方的责任，则不予处罚。
2. 补办发票或凭证：
   • 如果丢失的是已开具的增值税专用发票或机动车销售统一发票的发票联和抵扣联，可以凭加盖销售方发票专用章的相应发票记账联复印件作为增值税进项税额的抵扣凭证、退税凭证或记账凭证。
   • 如果丢失的是抵扣联，可以凭相应发票的发票联复印件作为增值税进项税额的抵扣凭证或退税凭证。
   • 如果丢失的是发票联，可以凭相应发票的抵扣联复印件作为记账凭证。

四、注意事项

1. 及时报告：发现发票丢失后，务必在当日书面报告税务机关，以避免可能的法律风险和处罚。
2. 准备材料：在提交发票挂失损毁报告时，确保所有必要的信息和附报资料都已准备齐全。
3. 遵守规定：在处理发票丢失事宜时，应严格遵守相关税收法律法规和税务机关的规定。

通过以上步骤，部队可以有效地处理发票丢失的问题，并确保符合税收法律法规的要求。