部队退休人员工资由安置地区的民政部门发放。

具体来说，根据相关规定，军队退休干部的退休生活费、困难补助费和各种补贴费，以及退休干部去世后的遗属生活补助费等，均由安置地区的民政部门向同级财政部门编造预算列支，并负责按月发给退休干部。因此，部队退休人员工资发放的主体是安置地区的民政部门。