车库占用别人院子是不合法的。下面我将从法律角度详细解释这一问题：

1. 物权保护原则：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，物权是权利人依法对特定的物享有直接支配和排他的权利。院子的使用权或所有权通常归属于院子的业主或合法使用权人。
   • 车库若未经允许占用别人的院子，即侵犯了院子业主或合法使用权人的物权，包括使用权和所有权。

2. 相邻关系处理：

   • 《民法典》还规定了相邻关系的处理原则，即不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。
   • 车库占用别人院子，可能妨碍了院子的正常使用和通行，违反了相邻关系的处理原则。

3. 法律责任：

   • 若车库占用别人院子，院子业主或合法使用权人有权要求车库所有人或使用人停止侵害、排除妨碍、赔偿损失。
   • 在严重情况下，这种行为可能构成侵权行为，甚至需要承担法律责任。

综上所述，车库占用别人院子是不合法的，侵犯了院子业主或合法使用权人的物权，并可能违反相邻关系的处理原则。若遇到此类情况，建议院子业主或合法使用权人及时与车库所有人或使用人沟通协商，要求其停止侵害并恢复院子的正常使用。若协商无果，可寻求法律途径维护自身权益。