飞机票电子发票和行程单的区别主要体现在以下几个方面：

1. 性质与用途：

   • 行程单：全称为《航空运输电子客票行程单》，它不仅是旅客购买电子客票的付款凭证，也是报销凭证，同时具备提示旅客行程的作用。行程单由国家税务总局监制，并纳入发票管理范围，具有法律效力。
   • 电子发票：电子发票是订票代理或航空运输销售代理企业就取得的全部价款和价外费用向购买方开具的，一般为增值税普通发票，也属于有效报销凭证。但电子发票不能开具增值税专用发票。

2. 开具与管理：

   • 行程单：行程单由航空运输企业或代理企业负责开具，旅客在所购机票所有行程结束后180天内可以申请开具。行程单一旦遗失，通常不可补办。
   • 电子发票：电子发票由订票代理或航空运输销售代理企业开具，旅客可以通过官网、移动客户端等渠道下载或以电子邮件等方式获取。电子发票若开具错误，可以联系开具单位进行重新开具。

3. 税务处理：

   • 行程单：对于一般纳税人，可按照行程单上票价及燃油费计算进项税（不包括机场建设费）。可抵扣税额 =（票价+燃油费）/1.09*9%。
   • 电子发票：从航空运输销售代理企业（或从携程、去哪儿等平台）取得的普通发票通常名称为“经济代理服务—代订机票费”，这种发票不符合增值税发票进项抵扣要求，不能做进项抵扣。只有取得“旅客运输服务”项目的发票才能计算进项税。

4. 使用场景：

   • 行程单：更适用于需要报销旅费的场景，特别是国企或政府单位，通常要求开具行程单作为报销凭证。
   • 电子发票：虽然也是有效的报销凭证，但在某些特定场景下（如需要抵扣进项税时），可能不如行程单适用。

综上所述，飞机票电子发票和行程单在性质、用途、开具与管理、税务处理以及使用场景等方面均存在显著差异。旅客在选择使用哪种凭证时，应根据自身需求和报销要求来决定。