关于运输费开票单位用什么的问题，这主要取决于提供运输服务的主体以及相关的税务规定。以下是对这一问题的详细解答：

一、一般规定

对于提供货物运输服务的纳税人，无论是企业还是个体工商户，他们在提供运输服务并收取运费时，都需要开具相应的发票。这些发票主要包括增值税专用发票和增值税普通发票。在开具这些发票时，除了基本的发票信息（如发票抬头、金额、税额等）外，还需要在发票的备注栏中填写一些特定的运输信息，包括起运地、到达地、车种车号以及运输货物的具体信息。如果这些信息内容较多，无法全部填写在发票上，那么可以另附清单作为发票的附件。

二、特殊规定（以铁路运输为例）

对于特定的运输方式，如铁路运输，还有一些特殊的规定。例如，铁路运输企业在提供货物运输服务时，如果受托代征了印花税，那么这部分税款的信息也可以填写在发票的备注栏中。此外，中国铁路总公司及其所属的运输企业（包括其分支机构）在提供货物运输服务时，自2015年11月1日起就可以使用增值税专用发票和增值税普通发票。他们开具的铁路货票、运费杂费收据等，也可以作为发票清单使用。

三、开票单位的选择

1. 如果是一般纳税人提供货物运输服务：那么开票单位就是该纳税人本身，他们需要根据自己的税务登记信息和相关的税务规定来开具发票。

2. 如果是特定的运输企业（如铁路运输企业）：那么开票单位就是这些特定的运输企业。他们需要根据自己的企业规定和税务规定来开具发票，并可能需要将一些特定的信息（如代征的税款信息）填写在发票的备注栏中。

综上所述，运输费开票单位主要取决于提供运输服务的主体以及相关的税务规定。在开具发票时，需要确保发票的信息完整、准确，并符合相关的税务规定。如果您对具体的开票要求有疑问，建议咨询当地的税务部门或专业的税务顾问以获取更准确的解答。