论文交叉引用是否会被标红，主要取决于引用的格式是否正确以及查重系统的识别能力。

一般情况下，如果交叉引用的格式正确，查重系统能够智能识别，并不会将其标红。正确的交叉引用应该包括正确的参考文献编号、作者、题目、出版信息等，并且在文中引用处使用正确的引用格式（如上标、括号等）。这样，查重系统在处理时，会将这部分内容视为引用，而非抄袭，因此不会被标红。

然而，如果交叉引用的格式不正确，或者查重系统无法识别该引用，那么这部分内容就有可能被标红。例如，如果参考文献的编号错误、缺失，或者引用格式与查重系统要求的不符，都可能导致查重系统无法正确识别引用，从而将其视为抄袭内容。

因此，为了避免论文交叉引用被标红，建议作者在撰写论文时，务必注意引用的格式和准确性。同时，也可以在使用查重系统前，先对论文进行自查，确保所有引用都符合规范。如果确实遇到了交叉引用被标红的情况，可以根据查重系统提供的反馈，对引用格式进行调整和优化。

总之，论文交叉引用是否会被标红，关键在于引用的格式是否正确以及查重系统的识别能力。只要作者注意这些细节，就可以有效避免这一问题。