关于补充医疗进项税额能否抵扣的问题，这需要根据具体的业务模式和税收政策来进行准确判断。以下是对这一问题的详细分析：
一、一般情况下的抵扣规则
集体福利性质：
- 根据《中华人民共和国增值税暂行条例》及《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）的相关规定，企业为员工购买的补充医疗保险，如果被视为集体福利（如人寿保险以外的健康保险产品），则其进项税额不得从销项税额中抵扣。
代扣代缴情况：
- 若企业是代扣代缴员工个人的补充医疗保险费用，这种行为属于非经营活动，不征收增值税。因此，这种情况下无需取得发票，也不存在进项税额抵扣的问题。
二、特殊情况的抵扣规则
保险受益人：
- 如果保险受益人是个人，则通常被视为集体福利或个人消费，不能抵扣进项税额。
- 如果保险受益人是投保的公司，并且投保对象不是免税项目、简易计税项目等，那么根据相关规定，其进项税额是可以抵扣的。但这种情况在补充医疗保险中较为罕见。
补充工伤保险：
- 对于补充工伤保险，如果它是依照国家法律法规的强制要求为特殊工种等购买的，那么取得的专票可以按规定抵扣进项税额。
三、会计处理建议
不能抵扣时的处理：
- 在取得发票入账时，应直接计入管理费用，无需进行增值税进项税额的核算。
- 如果不小心先认证抵扣了进项税额，需要做进项税额转出处理。
加强税务筹划：
- 企业应明确保险的缴费方式和性质，以确定是否属于可抵扣范围。
- 在日常财务管理中加强税务筹划，合理规避税收风险，确保税收合规性。
综上所述，补充医疗进项税额的抵扣问题需要根据具体情况来判断。一般情况下，作为集体福利的补充医疗保险其进项税额不得抵扣；但在某些特殊情况下（如保险受益人为公司、补充工伤保险等），其进项税额是可以抵扣的。因此，企业在处理这一问题时应仔细审查相关税收政策和合同条款，以确保税务处理的合规性和准确性。