申请退企业所得税不一定会触发查账程序，但确实存在被查账的可能性，这主要取决于退税金额的大小、申请材料的完整性和准确性、企业的纳税信用记录，以及当地税收政策的差异等多种因素。

在退税金额较小且提供的退税申请材料完整、准确，数据逻辑也清晰合理的情况下，税务机关通常只会进行形式审核，而不会进行深入查账。例如，因季度预缴税款多缴而产生的少量退税申请，只要资料无误，一般都能顺利办理。另外，对于某些特定的税收优惠政策，如软件企业的即征即退政策，只要企业能按规定提交证明材料，证明自身符合退税条件，税务机关也通常会直接办理退税，无需查账。

然而，在退税金额较大、退税申请数据存在异常或与以往纳税申报数据有较大差异、企业存在税收风险预警信号（如发票使用异常、税负率过低等），或者企业过往纳税信用不佳的情况下，税务机关可能会对企业的收入、成本、费用等进行详细查账核实，以确保退税的合理性和准确性，并确认退税申请的合法性。

此外，不同地区和不同时间段的税收政策可能存在差异，对退税申请的审核标准也可能有所不同。因此，在申请退税前，企业应咨询当地税务机关，了解具体的退税政策和流程要求，以降低不必要的风险。

无论是否会被查账，企业都应确保其纳税申报资料的真实性和合法性，并承担相应的法律责任。如果发现虚假申报、偷税漏税等违法行为，不仅退税申请会被驳回，企业还可能面临罚款、滞纳金等严厉处罚。

综上所述，申请退企业所得税时是否会被查账并非绝对，而是需要根据具体情况来判断。因此，企业应充分了解相关政策，确保自身合规，并提前咨询当地税务机关以获取准确的指导和帮助，从而顺利完成退税申请。