因闯红灯两次被扣12分后，为消除扣分并恢复驾驶证的正常使用，您需要按照以下步骤操作：
一、确认并处理违章
查询违章信息：
- 通过交通管理部门的官方网站、手机APP（例如交管12123）或前往当地交警大队，查询闯红灯的具体违章记录。
- 确保违章时间、地点、照片等信息准确无误。
打印处罚决定书（如需要）：
- 携带驾驶证、身份证和车辆行驶证，前往当地交警大队或违章处理中心，打印出违章处罚决定书，作为后续处理违章的法律依据。
缴纳罚款：
- 根据处罚决定书上的指示，在规定时间内（通常为15日内）到指定银行或通过线上渠道缴纳罚款。
- 逾期未缴将产生滞纳金，因此请务必按时缴纳。
二、参加满分学习与考试
报名学习：
- 缴纳罚款后，您需要在规定时间内（一般为15天内）到机动车驾驶证核发地或违法行为地的公安机关交通管理部门报名参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习。
- 学习内容涵盖道路交通安全法律、法规、规章，交通信号含义，安全行车与文明驾驶知识等。
预约并参加考试：
- 学习结束后，车辆管理所将在20日内安排道路交通安全法律、法规和相关知识考试（科目一）。
- 您需要提前预约考试时间，并按时参加考试。
- 考试合格后，记分将被清除，并发还机动车驾驶证。若考试不合格，则需重新预约并参加考试，直至合格为止。
三、特殊情况处理
误闯红灯复议：
- 如果您因视线被遮挡等特殊情况误闯红灯，可以在收到违法信息后向车辆管理处申请复议，并提供相关证据。
- 若复议成功，红灯记录将被取消，不扣分也不罚款。
B类、A类驾照降级：
- 对于持有大型客车（A1）、牵引车（A2）、城市公交车（A3）、中型客车（B1）、大型货车（B2）驾驶证的驾驶人，若在一个记分周期内记满12分，车辆管理所将注销其最高准驾车型驾驶资格。
- 您需要在三十日内到车管所办理降级换证手续，换领准驾车型降低一级的驾驶证。
四、重要注意事项
- 不可代扣：严禁使用他人驾驶证代扣分数，此行为属于“买卖分”，是违法的，将受到严厉处罚。
- 遵守交规：在消除扣分后，请务必严格遵守交通规则，避免再次发生违法行为，确保行车安全。
综上所述，因两次闯红灯被扣12分后，您需要按照上述流程缴纳罚款、参加学习与考试，并注意特殊情况和相关法律规定。在整个过程中，请务必遵守交通管理部门的规定和要求，以确保记分得以清除，驾驶证恢复使用。同时，也提醒您增强交通安全意识，遵守交规，确保行车安全。