在计算抵扣进项税额时，发票是否需要勾选认证，主要取决于发票的类型以及相关的税务政策规定。以下是对这一问题的详细解答：

一、勾选认证与计算抵扣的基本概念

1. 勾选认证：这是纳税人通过增值税发票综合服务平台对增值税扣税凭证进行查询、选择、确认等操作，以申报抵扣进项税额的一种流程。
2. 计算抵扣：它依据合法有效的扣税凭证上的金额，按照税法规定的扣除率来计算进项税额。计算抵扣并非总是通过勾选认证来确定。

二、不需要勾选认证的计算抵扣发票类型

以下类型的发票在计算抵扣时，通常无需进行勾选认证：

1. 农产品收购或销售发票：

   • 购进农产品时，若取得的是农产品销售发票或收购发票，进项税额的计算是基于发票上注明的农产品买价和规定的扣除率。
   • 计算公式：进项税额 = 买价 × 扣除率（如9%或特定情况下的10%）。

2. 桥、闸通行费发票：

   • 纳税人支付的桥、闸通行费，可以凭通行费发票上注明的金额，按照规定的公式计算可抵扣的进项税额。
   • 计算公式：桥、闸通行费可抵扣进项税额 = 通行费发票金额 ÷（1 + 5%）× 5%。

三、需要勾选认证的抵扣情况

虽然上述特定类型的发票无需勾选认证，但一般情况下，为确保发票的真实性和合规性，防止虚假或不合规发票进入抵扣流程，其他类型的发票（如增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、机动车销售统一发票等）在抵扣前通常需要进行勾选认证。

四、特殊情况及注意事项

1. 农产品专用发票的特殊处理：

   • 若取得农产品专用发票，纳税人可以选择用于计算抵扣进项税额或勾选认证抵扣，但两者不能同时使用。

2. 纳税信用A级纳税人的优惠：

   • 纳税信用A级的纳税人取得特定类型的增值税发票时，可以不再进行扫描认证，而是通过增值税发票税控开票软件查询、选择用于抵扣的发票信息。

3. 地区和政策差异：

   • 具体的勾选认证流程和所需材料可能因地区和税务政策的不同而有所差异。建议咨询当地税务部门或专业税务机构以获取准确信息。

4. 认证期限与发票管理：

   • 增值税发票的认证抵扣已取消天数限制，但建议纳税人及时认证以避免税务风险。同时，应妥善保管发票，避免丢失或损坏。

综上所述，计算抵扣的发票是否需要勾选认证，需根据发票类型和税务政策来确定。纳税人应仔细了解相关规定，确保抵扣操作的合规性和准确性。如有任何疑问或需要进一步了解相关政策法规，请咨询专业的税务人员。