鉴定为假烟的卷烟是会被没收的。具体处理措施如下：

1. 责令停止销售：由烟草专卖行政主管部门责令销售者立即停止销售假冒伪劣卷烟。
2. 没收违法所得：销售假冒伪劣卷烟所获得的所有非法收入将被没收。这不仅包括销售假烟的直接收入，也包括因销售假烟而间接获得的其他非法收入。
3. 罚款：根据违法销售的总额，处以一定比例的罚款。具体罚款比例根据《烟草专卖法实施条例》的规定，为违法销售总额的20%以上50%以下。这一罚款措施旨在惩罚销售假烟的行为，并防止类似行为再次发生。
4. 销毁非法销售的烟草专卖品：将非法销售的假冒伪劣卷烟公开销毁，以防止其再次流入市场，对消费者造成危害。
5. 取消经营资格：对于一年内因违规经营被处罚两次以上的零售户，很可能被取消从事烟草专卖业务的资格。这是一项严厉的处罚措施，旨在确保烟草市场的规范和健康。

综上所述，鉴定为假烟的卷烟不仅会被没收，而且销售者还会面临一系列的行政处罚措施。这些措施旨在维护烟草市场的秩序，保护消费者的合法权益，以及打击非法经营行为。如果你或你身边的人遇到了类似问题，可以直接向我咨询，我会提供专业的法律帮助和建议。