法院可以拍卖有争议的房产，但具体情况需根据争议的性质、程度以及法律程序来判断。

首先，如果房产的争议只是普通的民事纠纷，比如买卖双方对房屋买卖合同存在争议，或者房屋所有权归属存在争议，但并未涉及法律明确禁止拍卖的情形，那么法院在对房屋进行查封等保全措施后，在符合法律规定的条件下是可以进行拍卖的。这样做通常是为了实现债权人的合法权益，比如通过拍卖来偿还债务。

其次，如果房产的争议涉及到法律规定的特殊情形，比如该房屋存在善意取得、涉及第三人合法权益等复杂情况，法院可能会中止拍卖程序，待争议解决后再决定是否继续拍卖。这是为了确保拍卖的合法性和公正性，避免因为争议而导致拍卖结果无效或者引发新的法律纠纷。

此外，对于小产权房这类特殊房产，虽然其买卖存在诸多争议和风险，但法院在特定情况下仍然可以对其进行拍卖。不过需要注意的是，买受人在购买这类房产时仍然无法办理大产权，因此需要谨慎考虑相关风险和后果。

总之，法院在决定是否拍卖有争议的房产时，会严格依据相关法律法规和具体案件情况进行判断和处理。如果您面临类似情况，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和帮助。