灵活就业人员社保缴费确实包括医保。以上海市的相关规定为例，灵活就业人员参保后，需要按月缴纳基本养老、医疗保险费。这意味着，灵活就业人员的社保缴费中，是包含了医疗保险部分的。缴费基数可以在本市上年度全口径城镇单位就业人员月平均工资的60%至300%之间自行选择，而医疗保险费的比例通常为11%。

此外，灵活就业人员按规定缴纳职工基本医疗保险费后，其享受的基本医疗保险待遇，以及医保综合减负办法、医保退休待遇认定等，都是按照本市职工基本医疗保险同类人员的有关规定来执行的。这确保了灵活就业人员在医疗保障方面能够享受到与职工相同的待遇。

总的来说，灵活就业人员的社保缴费是包含医疗保险的，这一制度设计旨在保障灵活就业人员在医疗方面的基本权益。当然，具体的缴费标准和待遇可能会因地区而异，建议咨询当地社保部门或相关机构以获取最准确的信息。