特种设备重大事故由国家质检总局会同有关部门组织调查。以下是详细分析：

在特种设备事故的调查处理中，根据相关法律法规的规定，事故的调查是分级进行的。对于重大事故，其调查工作由国家质检总局（现为国家市场监督管理总局）会同有关部门负责组织。这一规定确保了事故调查的专业性、权威性和有效性。

具体来说，当特种设备发生重大事故时，国家质检总局会迅速响应，联合相关部门组成事故调查组。调查组将深入事故现场，进行全面、细致的勘查和取证工作，以查明事故的经过、原因以及造成的人员伤亡和经济损失情况。同时，调查组还会准确认定事故的性质和责任归属，并提出公正的处理建议，包括对责任单位和人员的处理意见。此外，为了防止类似事故的再次发生，调查组还会制定并提出有效的防范和整改措施。

综上所述，特种设备重大事故的调查工作由国家质检总局会同有关部门负责，这体现了国家对特种设备安全的高度重视和严谨态度。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。