水利工程环境保护费的取费通常遵循国家或省级、行业建设主管部门的相关规定，并作为工程费用的一部分进行计取。具体来说，其取费方式和费率可能因地区、项目类型及规模等因素而有所不同。以下是一些关于水利工程环境保护费取费的一般性说明：
一、取费依据
水利工程环境保护费的取费主要依据国家或地方相关法规、政策文件以及行业规范进行。这些文件通常会明确环境保护费的定义、计取范围、费率标准等关键要素。
二、取费方式
按费率计取：环境保护费通常是根据工程投资总额或特定部分（如土建工程费用）的一定比例来计取。这个比例，即费率，会根据不同地区、不同项目类型及规模而有所差异。
按实际发生额计取：在某些情况下，环境保护费可能根据实际发生的环保措施费用进行计取。这需要项目单位在施工过程中详细记录并保留相关凭证，以便后续核算。
三、费率标准
具体的费率标准通常由当地建设主管部门或相关行业协会根据当地经济情况、环保要求及行业惯例等因素制定。因此，在编制水利工程预算时，应参考当地最新的费率标准进行计算。
四、注意事项
合规性：在计取环境保护费时，必须严格遵守国家或地方相关法规和政策要求，确保取费的合规性。
准确性：项目单位应准确核算环境保护费的实际发生额，避免虚报或漏报。
透明度：在招标、合同签订及结算等过程中，应明确环境保护费的计取方式、费率标准及实际发生额等信息，确保费用透明、公正。
综上所述，水利工程环境保护费的取费是一个涉及多个因素的过程，需要项目单位在遵循相关法规和政策的基础上，结合实际情况进行准确核算和合理计取。如有具体疑问或需求，建议咨询当地建设主管部门或相关行业协会以获取更详细的信息和指导。