生理期来了是可以办理健康证的。健康证主要涉及的是一些传染病的检查，以及基本的身体健康状况检查，生理期并不影响这些检查的结果。以下是对这一结论的详细解释：
健康证的办理流程：通常包括填写个人信息、进行体格检查（如身高、体重、血压等）、抽血化验（主要检查传染病项目）以及胸透或X光检查等。这些检查项目与生理期无直接关联。
生理期对检查的影响：生理期主要影响的是女性的生殖系统，如子宫、阴道等，而健康证的检查并不涉及这些具体部位。生理期可能会导致一些生理上的不适，如腹痛、腰酸等，但这并不影响其他身体部位的检查和化验结果。
注意事项：虽然生理期可以办理健康证，但在进行某些检查时（如抽血化验），如果感到身体不适或疼痛，应及时向工作人员说明，以便他们给予适当的照顾或调整检查方式。
综上所述，生理期并不影响健康证的办理。如果你还有其他关于健康证办理或相关法律问题的疑问，可以随时向我咨询。