是的，淘宝企业店铺确实需要扣税。以下是详细解释：

法律依据与纳税义务

根据《中华人民共和国电子商务法》及相关税收法律法规，淘宝企业店铺作为电子商务经营者，应当依法履行纳税义务。无论店铺规模大小，只要发生了应税行为，就需要按照国家规定向当地税务部门进行申报和纳税。

具体税种及缴纳规定

1. 增值税：

   • 小规模纳税人：年应征增值税销售额未超过500万元的企业店铺，通常按照3%的征收率计算缴纳增值税（疫情期间可能有优惠政策调整）。若季度不含税销售额未超过规定额度（如45万元，政策可能调整），则可免征增值税；超出部分则需按相应征收率缴税。
   • 一般纳税人：年应征增值税销售额超过500万元的企业店铺，需按照一般计税方法缴纳增值税，税率根据销售的货物或服务类型不同而有所差异。

2. 企业所得税：

   • 企业店铺的经营所得需缴纳企业所得税，一般税率为25%。但符合条件的小型微利企业可享受税收优惠，如减按20%的税率征税，并对年应纳税所得额不超过一定额度的部分有进一步的税收减免政策。

3. 其他税种：

   • 如印花税、城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加等，也可能根据企业店铺的具体经营情况而需要缴纳。

税务管理与建议

• 发票管理：确保取得合法有效的发票，以便进行税费抵扣和税务申报。
• 税务咨询：鉴于税务问题的复杂性和专业性，建议定期咨询专业的税务机构或律师，以确保税务处理的准确性和合规性。
• 风险防控：严格遵守税法规定，避免因税务问题引发不必要的法律风险和经济损失。

综上所述，淘宝企业店铺在经营过程中必须依法履行纳税义务，根据具体经营情况缴纳相应的税费。通过合理的税务规划和管理，可以有效降低税负成本，确保经营活动的合法合规性。如果您有具体的税务问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。