您好，关于灵活就业社保是否可以交农村合作医疗的问题，首先我们需要明确几个概念。

灵活就业社保，通常指的是灵活就业人员参加的职工社会保险，这包括养老保险、医疗保险等。而农村合作医疗，现在多数地方已经整合为城乡居民基本医疗保险，是面向农村居民和未参加职工医保的城镇居民提供的基本医疗保障。

接下来，我们分析是否可以将两者结合。在大多数地区，灵活就业人员和城乡居民（包括原农村合作医疗的参保人员）在医疗保险上是有所区分的。灵活就业人员通常参加的是职工医疗保险，而农村居民则参加城乡居民基本医疗保险。这两种医疗保险在缴费标准、报销比例、待遇享受等方面都有所不同。

因此，一般来说，灵活就业人员不能直接参加农村合作医疗（即现在的城乡居民基本医疗保险）作为自己的医疗保障。他们应当参加职工医疗保险，享受相应的医疗保障待遇。

当然，具体的政策可能因地区而异，有些地方可能会有一些特殊的衔接政策或过渡措施。所以，如果您对当地的政策有疑问，建议咨询当地的社保部门或医保机构，以获取最准确的信息。

总结来说，灵活就业社保和农村合作医疗（城乡居民基本医疗保险）是两种不同的医疗保障制度，通常不能相互替代或合并。灵活就业人员应当参加职工医疗保险来享受医疗保障待遇。