甲状腺手术一般是可以报销新农合的，但具体报销比例和流程可能因地区和具体政策而异。

首先，新农合（新型农村合作医疗）是中国为农村居民提供的基本医疗保障制度，旨在减轻农村居民因疾病带来的经济负担。甲状腺手术作为一种医疗行为，通常属于新农合的报销范围。

然而，要确定具体的报销比例和流程，你需要咨询当地的医保部门或新农合服务窗口。他们可以根据你的具体情况（如手术类型、费用明细、个人缴费情况等）为你提供详细的报销指南和计算方式。

此外，你还需要注意以下几点：

1. 报销材料：在申请报销时，你可能需要准备相关的医疗证明、费用发票、病历资料等。确保这些材料齐全并符合当地医保部门的要求。
2. 报销时限：新农合报销通常有一定的时限要求，即你需要在规定的时间内提交报销申请。因此，建议你及时了解并遵守当地的报销时限规定。
3. 特殊情况：如果你的甲状腺手术涉及特殊医疗技术或高额医疗费用，可能需要额外的审核或审批流程。在这种情况下，建议你提前与当地医保部门沟通并了解相关流程。

总之，甲状腺手术一般是可以报销新农合的，但具体报销比例和流程可能因地区和具体政策而异。建议你及时咨询当地医保部门或新农合服务窗口以获取最准确的信息和指导。