当您在申请代为追偿时遇到保险公司不垫付维修费的情况，可以按照以下步骤来妥善处理：

第一步：查阅合同并沟通

首先，请仔细查看您与保险公司签订的保险合同条款，特别是关于代位追偿以及垫付维修费的部分。如果合同中明确规定了保险公司应当垫付维修费用，但保险公司却未履行这一义务，那么您有权与保险公司进行沟通。

沟通时，您可以选择书面方式，如发送正式函件，或者口头方式，如电话沟通。无论哪种方式，都要确保正式提出按合同执行的要求，并注意保留好沟通记录，如通话录音、邮件往来等。这些记录将在后续处理过程中起到重要作用。

第二步：收集证据并投诉

如果与保险公司的沟通没有取得满意的结果，接下来您需要收集相关证据来支持您的诉求。这些证据应能证明事故责任以及修车费用的合理性，例如交通事故认定书可以明确事故责任方，维修发票和维修清单则可以清晰显示修车的具体费用。

收集好证据后，您可以向保险公司总部进行投诉，要求其介入处理。同时，您也可以向银保监会等监管机构投诉，监管机构会责令保险公司对您的投诉作出说明并处理。在投诉过程中，请务必提供详实的证据材料，以便监管机构能够迅速了解情况并作出公正裁决。

第三步：采取法律途径

如果前面的方法都无法解决问题，那么您可以考虑通过法律手段来维护自己的权益。您可以向人民法院提起诉讼，要求保险公司履行合同义务，并承担相应的违约责任。在诉讼过程中，您需要提供充分的证据来证明保险公司的违约行为，以及因此给您造成的损失。

综上所述，当您在申请代为追偿时遇到保险公司不垫付维修费的情况时，应先查阅合同并沟通、收集证据并投诉、最后考虑采取法律途径来解决问题。在整个过程中，请务必保持冷静和理性，依法维护自己的合法权益。