法院立案期间还款了，一般情况下是会有影响的，但具体影响取决于案件的具体情况和法院的裁决。下面我分几种情况详细说明：
如果案件尚未开庭审理：
- 在这种情况下，如果你已经还款，可以及时向法院提交还款证据，并申请撤诉或者请求法院调解结案。如果原告同意，法院可能会裁定撤诉或者出具调解书，这样案件就不会继续审理，也就不会对你产生进一步的不利影响。
如果案件已经开庭审理，但尚未判决：
- 在庭审过程中，你可以向法庭说明已经还款的情况，并提交相关证据。法庭会根据已经查明的事实和证据，综合考虑后作出判决。如果法庭认为你的还款行为已经履行了义务，可能会判决驳回原告的诉讼请求，或者对原判决进行相应调整。
如果案件已经判决，但在执行阶段：
- 如果判决已经生效，且已经进入执行阶段，你还款后需要及时向法院执行部门报告，并提交还款证据。执行部门会根据还款情况，决定是否继续执行或者终结执行程序。如果你已经全额还款，且没有其他未履行的义务，执行部门一般会终结执行程序，这样你就不会面临强制执行的风险。
特殊情况：
- 在某些特殊情况下，即使你已经还款，也可能因为之前的违约行为而承担一定的法律责任，比如支付违约金、赔偿损失等。这需要根据具体的合同条款和法律规定来判断。
总之，法院立案期间还款了并不意味着就完全没有事了，你还需要根据案件的具体情况和法院的裁决来采取相应的措施。如果你有任何疑问或者需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。