港澳通行证签注是需要收费的。根据国家发改委和财政部的相关规定，往来港澳通行证一次有效签注的收费标准为每件15元，二次有效签注为每件30元。对于短期（不超过一年）多次有效签注，收费标准为每件80元；一年以上两年（含）以下多次有效签注为每件120元；两年以上三年（不含）以下多次有效签注为每件160元；长期（三年以上，含三年）多次有效签注则为每件240元。这些费用是在申请签注时需要缴纳的。

此外，如果是申请换发或补发往来港澳通行证，新版往来港澳通行证的收费标准为每本60元。公安机关出入境管理部门在受理往来港澳通行证申请后，通常会在7个工作日内予以签发；单独受理签注申请后，也应在7个工作日内予以签发。但因所在地区交通不便或特殊情况不能按期签发的，签发时间可能会延长至20个工作日。如果是在非常住户口所在地申请，则签发时间可能会延长至20日。

总的来说，港澳通行证签注的费用是根据签注的类型和有效期来确定的，申请人在办理时需要按照相关规定缴纳相应的费用。