水利基金的计税依据是否含税，这主要取决于当地的具体政策规定。一般来说，水利基金的计税依据通常是不含税的收入或税额，但具体情况可能因地区而异。

在一些地区，水利基金的计税依据是企业的销售收入或营业收入，这里的收入一般指的是不含税收入。也就是说，在计算水利基金时，会先将含税收入转换为不含税收入，然后再按照规定的比例进行征收。例如，如果企业销售收入为100万元（含税），当地规定水利建设基金征收率为0.5%，那么在计算水利基金时，会先将100万元转换为不含税收入，然后再乘以0.5%得出应缴纳的水利基金金额。

然而，在其他一些地区，水利基金可能直接以实际缴纳的增值税、消费税税额为计税依据。这种情况下，水利基金的计税依据就与是否含税没有直接关系，而是根据实际缴纳的税额来计算。这种计算方式将企业的实际税负与水利基金的缴纳额度直接挂钩，有助于更公平地分摊水利建设的负担。

因此，要准确确定水利基金的计税依据是否含税，企业需要仔细查阅当地的相关政策文件或咨询当地税务部门。在实际操作中，企业应严格遵守相关法律法规，准确计算并按时缴纳水利基金，以避免可能的法律风险和经济损失。同时，企业也应密切关注当地税务部门的相关政策和规定变化，及时调整自己的税务策略。