针对您提出的“虚开普通发票6万元如何处理”的问题，以下是我为您提供的详细、清晰的解答：
首先，虚开普通发票是一种违法行为，根据相关法律法规，税务机关对于此类行为会采取严格的处罚措施。对于虚开普通发票6万元的情况，具体处理如下：
没收违法所得： 税务机关会首先没收因虚开发票而获得的违法所得。这是对于违法行为的一种直接经济制裁。
罚款： 由于虚开金额超过了1万元，根据法律规定，税务机关可以对违法者并处5万元以上50万元以下的罚款。具体罚款金额会根据虚开情节的严重程度、违法者的配合态度以及是否有悔改表现等因素来综合考虑。
可能的刑事责任： 虽然虚开金额6万元未达到法律规定的“情节严重”标准（通常指虚开金额累计超过40万元或虚开发票超过一百份），但如果存在多次虚开、恶意逃避税收等严重情节，仍然有可能被追究刑事责任。因此，违法者应当积极配合税务机关的调查，如实陈述事实，争取从轻处理。
补缴税款和滞纳金： 除了上述处罚外，违法者还需要补缴因虚开发票而少缴的税款以及相应的滞纳金。这是恢复税收秩序、保障国家税收权益的必要措施。
综上所述，对于虚开普通发票6万元的情况，税务机关会依法进行严厉处理，包括没收违法所得、处以罚款、可能追究刑事责任以及要求补缴税款和滞纳金等。因此，建议违法者尽快主动向税务机关投案自首，积极配合调查，以争取从轻处理。同时，也提醒广大纳税人要严格遵守税收法律法规，诚信经营，共同维护良好的税收秩序。