加油站整体出租时，涉及的增值税缴纳问题，主要依据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）及《中华人民共和国增值税暂行条例》的相关规定来处理。以下是关于加油站整体出租如何交增值税的详细解答：

一、税率与计税方法

1. 一般纳税人：

   • 如果加油站是2016年5月1日后取得的不动产，出租方作为一般纳税人，应适用9%的税率来计算缴纳增值税。
   • 销售额的计算包括纳税人发生应税销售行为收取的全部价款和价外费用，但不包括销项税额。
   • 出租方可以抵扣进项税额。

2. 简易计税方法：

   • 对于2016年4月30日前取得的不动产，出租方可以选择适用简易计税方法。
   • 简易计税方法下，按5%的征收率计算应纳税额，但不得抵扣进项税额。

二、销售额的计算

销售额是加油站发生应税销售行为收取的全部价款和价外费用，需要特别注意的是，销售额不包括销项税额。如果以非人民币结算，需折合成人民币进行计算。

三、其他相关税费

除了增值税，加油站整体出租还涉及房产税、城镇土地使用税、印花税、企业所得税等税种的缴纳。例如，出租方需按租金收入的12%缴纳房产税（若出租的是居民住房，则适用4%的优惠税率），并可能根据土地所在地段的等级和适用税额标准计算缴纳城镇土地使用税。

四、建议与注意事项

1. 税务咨询：由于加油站整体出租涉及的税费种类繁多，建议出租方在签订租赁合同前咨询当地税务部门或专业税务顾问，以确保税务处理的准确性和合规性。
2. 合同约定：双方在签订租赁合同时，应充分沟通税费承担问题，并在合同中明确约定，以避免后续产生纠纷。
3. 合规履行：出租方应严格按照税法规定履行纳税义务，确保税务处理的合规性，避免潜在的税务风险。

综上所述，加油站整体出租时，出租方需要根据不动产的取得时间、税率及计税方法等相关规定来计算缴纳增值税，并同时注意其他相关税费的缴纳。务必确保税务处理的准确性和合规性，以避免潜在的税务风险。