征地补偿方案的制定单位通常涉及县级以上地方人民政府及其自然资源主管部门。

首先，根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第四条的规定，市、县级人民政府负责本行政区域的房屋征收与补偿工作。这意味着，市、县级人民政府在征地补偿方案的制定中扮演着主导角色。它们确定的房屋征收部门会具体组织实施本行政区域的房屋征收与补偿工作。

其次，县级以上地方人民政府自然资源主管部门在征地补偿方案的制定中也发挥着重要作用。自然资源主管部门负责土地征收的相关工作，包括对土地现状的调查、征收范围的确定等。由于其具备专业的土地管理知识和经验，因此能够依据相关法律法规和政策，合理制定征地补偿方案。

在制定征地补偿方案时，通常会充分考虑到各个方面的因素，如被征地农民的生活保障、土地的用途等，以确保征地补偿方案的公平、合理、合法，并保障被征地农民的合法权益。同时，相关部门也会依照法律法规和本级人民政府规定的职责分工，互相配合，共同推进房屋征收与补偿工作的顺利进行。

综上所述，征地补偿方案由县级以上地方人民政府及其自然资源主管部门会同有关部门共同制定。