当工资超过5000元时，超出部分确实需要缴纳个人所得税，但具体税额需要根据多个因素综合计算。以下是对这一问题的详细解答：

1. 起征点与应纳税所得额：

   • 个人所得税的起征点为每月5000元。
   • 应纳税所得额 = 月度收入 - 5000元（起征点） - 专项扣除 - 专项附加扣除 - 依法确定的其他扣除。

2. 专项扣除与专项附加扣除：

   • 专项扣除包括基本养老保险、基本医疗保险、失业保险等社会保险费和住房公积金。
   • 专项附加扣除涵盖子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金、赡养老人等支出。

3. 税率及速算扣除数：

   • 个人所得税实行超额累进税率，根据应纳税所得额的不同，税率从3%至45%不等。
   • 速算扣除数是根据税率表确定的，用于简化计算过程。

4. 具体计算方式：

   • 首先确定应纳税所得额。
   • 然后根据应纳税所得额查找对应的税率和速算扣除数。
   • 最后使用公式：应纳税额 = 应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数，来计算应缴纳的税额。

5. 举例说明：

   • 假设某人的月工资为10000元，每月专项扣除为1000元，专项附加扣除为2000元。
   • 应纳税所得额 = 10000 - 5000 - 1000 - 2000 = 2000元。
   • 对照税率表，2000元对应的税率为3%，速算扣除数为0。
   • 因此，应纳税额 = 2000 × 3% - 0 = 60元。

综上所述，工资超过5000元应缴纳的个人所得税，是根据应纳税所得额及对应的税率和速算扣除数来计算的。具体税额取决于工资收入、专项扣除、专项附加扣除以及其他依法确定的扣除项。如有任何疑问或需要更详细的解答，请直接向我咨询。