灵活就业人员医保中断一年以上不会清零，但中断期间的医保年限不予计算，待遇也不予追溯。

具体来说，当灵活就业人员参加职工医保出现停缴欠费时，自停止缴费次月起就会停止享受相应的医保待遇。如果中断缴费在3个月（含）以内，那么经清缴补缴后，职工医保年限会予以计算，待遇也会追溯补发。然而，如果中断缴费超过3个月，那么就不允许补缴了，中断期间的医保年限也就不会被计算在内，同时这段期间的医保待遇也不会追溯补发。

但请注意，即使医保中断一年以上，之前已经缴纳的医保费用和历史缴费年限仍然会被保留。当重新参加医保并缴费后，从缴费的次月起就可以重新享受医保待遇，而之前的缴费年限也会累计计算，不会因为中断而清零。

总的来说，虽然医保中断会影响待遇享受和年限计算，但并不会导致之前缴纳的医保费用和历史缴费年限清零。因此，建议灵活就业人员在可能的情况下尽量保持医保的连续缴纳，以确保自己的医保权益不受影响。