在政府采购过程中，如果连续两次出现流标的情况，处理方式可以遵循以下几个步骤：

首先，需要深入研究和分析流标的具体原因。这包括但不限于审查招标文件是否存在不明确或过于苛刻的条款，评估招标公告的发布范围和时间是否足够广泛和合理，以及考虑市场环境和潜在投标人的参与度等因素。通过这一步骤，可以识别出问题所在，为后续的措施提供有针对性的调整方向。

接下来，根据分析出的原因，对招标文件、公告或招标方式进行相应的调整和改进。例如，如果发现问题在于招标文件过于复杂或苛刻，可以简化文件内容，放宽某些条件，以吸引更多的投标人参与。如果市场响应度不高，可以考虑扩大招标公告的发布范围，或者延长公告的有效期，以增加潜在投标人的知晓度和参与度。

在调整和改进后，可以选择重新发布招标公告，进行第三次招标。此时，应确保所有调整和改进措施都已得到充分体现，以提高招标项目的成功率和参与度。

如果重新发布招标公告后仍然流标，或者出于其他考虑，也可以选择上报至主管部门，申请采用邀请招标的方式。邀请招标是一种更为灵活的采购方式，可以通过邀请特定的潜在投标人参与竞标，来提高招标的针对性和成功率。但需要注意的是，申请邀请招标需要符合相关法律法规的规定，并经过主管部门的批准。

此外，虽然自行确定中标人是一种可能的处理方式，但这种方式可能会对采购成本造成额外压力，延长采购周期，从而降低整体采购效率。因此，在采取这种方式时需要谨慎考虑，并确保符合相关法律法规的规定。

最后，无论采取何种处理方式，都需要加强信息公开和沟通工作。这包括及时发布招标信息、公告调整内容、解释流标原因等，以提高招标项目的透明度和公信力。同时，也需要与潜在投标人保持积极沟通，了解他们的需求和疑虑，为他们提供必要的帮助和支持。

综上所述，政府采购两次流标后的处理方式需要综合考虑多种因素，并根据实际情况进行灵活调整。通过深入研究原因、调整改进措施、重新发布公告、申请邀请招标或自行确定中标人等方式，可以有效提高招标项目的成功率和参与度。同时，加强信息公开和沟通工作也是至关重要的。