夫妻户口不在一起时，办理离婚手续主要遵循以下步骤和注意事项：
一、办理地点选择
- 共同到一方户口所在地：双方可以自愿选择到其中一方户口所在地的婚姻登记机关办理离婚手续。
- 省内经常居住地：如果双方或其中一方在省内有经常居住地，并且符合当地的相关规定（如持有有效居住证等），也可以选择到该经常居住地的婚姻登记机关办理。
二、受理条件
- 自愿并达成离婚协议：双方必须自愿离婚，并就离婚协议达成一致。
- 完全民事行为能力：双方当事人都必须具有完全民事行为能力。
- 结婚登记地：双方的结婚登记必须是在中国内地办理的。
三、办理流程
申请：
- 提交所需证件：男女双方的有效居民户口簿、身份证原件及复印件（户口簿上的“婚姻状况”一栏必须是“已婚”或“再婚”）；结婚证原件或原结婚登记档案复印件；如选择在一方经常居住地申请，还需提交该方的有效居住证。
- 证件要求：所有证件必须是原件、完整、真实、合法。
冷静期（30日）：
- 根据《民法典》规定，自婚姻登记机关收到离婚登记申请之日起三十日内为冷静期。在此期间，任何一方不愿意离婚的，可以持本人有效身份证件和《离婚登记申请受理回执单》向受理离婚登记申请的婚姻登记机关撤回离婚登记申请。
办理登记：
- 冷静期届满后的三十日内，双方需共同到婚姻登记机关办理离婚手续。
- 提交所需材料：除了之前提交的证件外，还需提交《离婚登记申请受理回执单》、双方自定的离婚协议书（一式三份，内容必须载明双方离婚原因、自愿离婚的意愿表示以及对子女的抚养、财产的分割、债权债务等处理意见）以及双方各提交的2张2寸单人近期半身红底或蓝底免冠彩照。
四、特殊注意事项
- 不同地区的具体规定可能有所不同，建议提前咨询当地婚姻登记机关或民政局以获取最准确的信息。
- 如果双方对离婚协议中的某些内容存在争议或无法达成一致，可能需要通过诉讼离婚的方式来解决。
综上所述，夫妻户口不在一起时，可以根据实际情况选择到一方户口所在地或省内经常居住地的婚姻登记机关办理离婚手续，并遵循相应的受理条件和办理流程。如有任何疑问或需要进一步的帮助，请咨询当地婚姻登记机关或民政局。