当您发现被起诉人已经转移了房产时，您可以采取以下措施来保护自己的合法权益：

一、紧急申请财产保全

1. 向法院提出申请：立即向受理案件的法院提出财产保全申请，请求法院对被转移房产进行冻结、查封或扣押，以防止财产进一步流失。

2. 提供担保：根据法院要求，您可能需要提供相应的担保，以确保财产保全措施的合理性。

二、收集财产转移证据

1. 转账记录与交易合同：尽可能收集被起诉人转移房产的转账记录、交易合同等直接证据。

2. 其他间接证据：如房产过户记录、相关证人证言等，这些都能作为后续诉讼中的重要依据。

三、如实向法院告知并配合调查

1. 诉讼中告知情况：在诉讼过程中，诚实地向法院告知被起诉人财产转移的情况，并积极配合法院的调查和处理工作。

2. 协助调查：根据法院要求，提供必要的协助和配合，如提供线索、参与调查等。

四、要求对方承担法律责任

1. 恶意逃避债务的处罚：如果被起诉人的财产转移行为被认定为恶意逃避债务，法院会根据情节轻重对其进行处罚，如冻结银行账户、查封其他财产等。

2. 追讨转移财产：在诉讼中，您可以要求被起诉人承担因其财产转移行为而给您造成的损害赔偿责任，并追回被转移的财产。

五、后续执行与监督

1. 申请强制执行：若判决已作出且发现财产已被转移，您应及时申请强制执行，法院会依照法定程序追回被转移的财产。

2. 密切关注财产动态：在诉讼和执行过程中，要密切关注被起诉人的财产动态，一旦发现有新的财产线索或转移迹象，立即告知法院。

综上所述，面对被起诉人转移房产的情况，您需要及时采取行动，通过申请财产保全、收集证据、配合法院调查以及要求对方承担法律责任等措施来保护自己的合法权益。同时，在后续执行和监督过程中也要保持警惕，确保判决得到有效执行。