在办理港澳通行证的过程中，一般情况下不会直接查询个人的案底。港澳通行证的办理主要关注的是申请人的身份信息、户籍情况、以及是否符合相关的申请条件，比如是否是中国公民、是否持有有效的身份证明等。

具体的办理流程，如以北京为例，包括在线预申请、拍摄照片、现场申请与审核、以及许可发证等步骤。在这个过程中，主要是核实申请人的个人信息和申请材料，而并非对申请人的案底进行审查。

当然，如果在办理过程中发现申请人存在某些不符合申请条件的情况，或者申请人被列入某些特定的限制名单，那么相关部门可能会进一步核实情况，但这并不等同于直接查询案底。

总的来说，办理港澳通行证主要关注的是申请人的身份信息和申请条件，而不是案底情况。如果您对具体的办理流程或申请条件有疑问，建议咨询当地的出入境管理部门或相关机构，以获取最准确的信息。