当个人所得税APP显示有工资收入，但实际并未收到款项时，您可以通过以下步骤来处理这个问题：

1. 与公司财务部门核实

• 初步沟通：首先，与公司的人事或财务部门取得联系，询问工资的具体申报和发放情况。了解是否存在误报、延迟发放或转账信息错误等问题。
• 要求提供证据：请求公司提供工资发放记录、考勤记录或转账凭证等相关资料，以便核对信息是否一致。

2. 检查个人银行账户

• 联系银行：如果公司表示工资已发放，但您仍未收到，那么需要联系银行客服或前往银行柜台，提供个人信息和工资发放相关信息进行查询。
• 确认转账信息：检查银行提供的转账记录，确认转账信息是否准确无误，包括收款账户、金额等。

3. 向税务机关申诉或报案

• 发起申诉：如果公司无法解释或解决问题，且确认并非银行转账问题，您可以在个人所得税APP上发起申诉，选择适当的申诉类型并说明原因。同时，向当地税务机关报案，提供相关证据证明您未收到该笔工资。
• 提供证据：在申诉或报案过程中，提供工资单、银行流水、个税APP截图等证明文件，以支持您的申诉。

4. 采取法律途径

• 劳动仲裁：如果税务机关无法解决问题，且公司存在拖欠工资等违法行为，您可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁。劳动仲裁机构将依法进行调解或裁决，维护您的合法权益。
• 提起诉讼：如果劳动仲裁结果不满意或公司未履行裁决义务，您可以向人民法院提起诉讼。法院将依法审理案件，作出判决，并要求公司履行相关义务。

5. 注意事项

• 保持冷静和理性：在处理此类问题时，请保持冷静和理性，避免与公司或税务部门产生不必要的冲突。
• 保留沟通记录：在整个过程中，保留与公司、银行、税务机关的沟通记录和证据，以备不时之需。

综上所述，当个人所得税显示发了工资但没收到时，您应首先与公司财务部门核实情况，其次检查个人银行账户，然后向税务机关申诉或报案，并在必要时采取法律途径来维护自己的合法权益。