如果公司在申报个人所得税时发现已被注册，可能意味着公司的税务信息已被他人非法使用或存在其他异常情况。针对这种情况，以下是我作为律师给出的详细建议：

1. 立即核实注册信息：

   • 首先，应登录税务部门的官方网站或使用相关的税务申报软件，仔细核对公司的注册信息，包括纳税人识别号、公司名称、注册地址等，确保这些信息的准确性。

2. 联系税务部门：

   • 如果发现注册信息有误或被非法注册，应立即联系当地税务部门，说明情况并请求协助解决。税务部门会进行核查，并根据实际情况给出相应的处理意见。

3. 检查公司内部管理：

   • 同时，公司应检查内部管理制度，特别是与税务相关的流程和人员权限设置，确保没有内部人员非法操作或泄露公司税务信息。

4. 考虑法律途径：

   • 如果经过税务部门核查后，确认公司的税务信息被非法使用或存在其他违法行为，公司可以考虑通过法律途径维护自身权益。这包括但不限于向公安机关报案，以及通过民事诉讼追究相关责任人的法律责任。

5. 加强税务风险防范：

   • 为了避免类似情况再次发生，公司应加强税务风险防范意识，定期对税务相关流程和人员进行培训，确保税务管理的规范性和安全性。

综上所述，公司在申报个人所得税时发现被注册，应首先核实注册信息，并及时联系税务部门寻求帮助。同时，公司也应加强内部管理，提高税务风险防范意识，以确保税务管理的合规性和安全性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。