跨省分公司缴纳企业所得税的问题，主要依据的是《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）以及相关规定。以下是对这一问题的详细解答：
首先，我们需要明确什么是跨地区经营汇总纳税企业。根据规定，居民企业在中国境内跨地区（跨省、自治区、直辖市和计划单列市）设立不具有法人资格分支机构的，该居民企业就被视为跨地区经营汇总纳税企业。这样的企业所得税征收管理会遵循一套特定的办法。
对于跨省分公司企业所得税的具体缴纳方式，遵循“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的原则：
统一计算：总机构会统一计算包括所有不具有法人资格分支机构在内的全部应纳税所得额和应纳税额。
分级管理：总机构和分支机构所在地的主管税务机关都有对当地机构进行企业所得税管理的责任。总机构和分支机构需要分别接受各自所在地主管税务机关的管理。
就地预缴：总机构和分支机构需要按照规定的方法，分月或分季向所在地主管税务机关申报预缴企业所得税。
汇总清算：年度终了后，总机构会统一计算汇总纳税企业的年度应纳税所得额和应纳所得税额，然后抵减总机构和分支机构当年已就地分期预缴的企业所得税款，进行多退少补。
财政调库：财政部会定期将缴入中央国库的汇总纳税企业所得税待分配收入，按照核定的系数调整至地方国库。
特别需要注意的是，对于新设立的二级分支机构（即总机构对其财务、业务、人员等直接进行统一核算和管理的领取非法人营业执照的分支机构），在设立当年是不就地预缴企业所得税的。此外，总机构和具有主体生产经营职能的二级分支机构，会就地分摊缴纳企业所得税。
综上所述，跨省分公司的企业所得税缴纳是一个涉及多个环节和规定的复杂过程。企业需要严格按照相关规定进行操作，并确保与税务机关的沟通顺畅，以确保税务处理的合规性和准确性。如果您在具体操作中遇到任何问题或疑问，建议及时联系当地主管税务机关或咨询专业的税务顾问进行解答。