是的，医保卡挂号通常会扣除个人账户的钱。当您使用医保卡进行挂号时，相关费用会优先通过您的个人账户进行支付。这是医保个人账户定向使用的一部分，旨在方便参保人在就医时能够快速、便捷地支付个人应付的费用。

具体来说，在挂号过程中，您只需将医保卡插入自助挂号机或提交给窗口工作人员，系统会自动识别您的医保信息，并优先从您的个人账户中扣除挂号费用。如果个人账户余额不足，您还可以选择通过其他方式（如银行卡、现金、微信、支付宝等）来补足差额。

此外，值得注意的是，医保个人账户的资金除了可以用于支付挂号费用外，还可以用于支付合规的医药费用中的个人自付部分。并且，通过办理职工医保个人账户“家庭共济”，您还可以将个人账户余额授权给已参保的父母、配偶和子女使用，进一步扩大了个人账户的使用范围。

总的来说，医保卡挂号扣除的是个人账户的钱，这是医保制度为了方便参保人就医而设计的一项便利措施。在使用过程中，请您注意保管好自己的医保卡，并遵循医保制度的相关规定。