当您的驾驶证在一个记分周期内两次扣满12分时，您需要按照以下步骤进行处理：

首先，根据《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》的相关规定，公安机关交通管理部门会扣留您的机动车驾驶证。这是为了确保您在重新获得驾驶资格前，能够充分了解和遵守交通安全法规。

接下来，您需要在驾驶证被扣留后的十五日内，前往机动车驾驶证核发地或者违法行为地的公安机关交通管理部门。在那里，您将参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习。这一步骤的目的是帮助您加深对交通安全法规的理解，提高驾驶安全意识。

学习结束后，车辆管理所会在二十日内对您进行道路交通安全法律、法规和相关知识考试。这场考试是为了检验您对学习内容的掌握程度。如果考试合格，您的记分将被清除，并且会发还您的机动车驾驶证。但是，如果考试不合格，您需要继续参加学习和考试，直到考试合格为止。

特别需要注意的是，由于您在一个记分周期内两次扣满12分，根据规定，您还需要在道路交通安全法律、法规和相关知识考试合格后十日内，接受道路驾驶技能考试。这场考试将按照您机动车驾驶证载明的最高准驾车型进行。只有驾驶技能考试也合格了，您的记分才会被完全清除，并且重新获得驾驶资格。

总的来说，当驾驶证两次扣12分时，您需要经历扣留驾驶证、参加学习、接受知识考试以及驾驶技能考试等一系列流程。只有完成这些步骤并且考试合格，您才能重新获得驾驶资格。因此，建议您严格遵守交通安全法规，确保驾驶安全。