发现自己的电瓶车被套牌后，您可以按照以下步骤进行处理：

一、确认套牌情况

首先，您需要仔细核对收到的交通违法信息，确认是否确实存在套牌情况。比如，对比违法时间、地点、车辆特征等信息，看是否与您的电瓶车实际使用情况不符。如果确认被套牌，那么就需要及时采取措施。

二、收集证据

在确认被套牌后，您应尽可能收集相关证据。这包括但不限于：

1. 保留交通违法信息的通知或截图。
2. 拍摄或保留您电瓶车的照片，特别是能显示车辆独特特征的部分。
3. 如果可能，收集套牌车辆的线索，如目击者证言、监控录像等。

三、报警备案

接下来，您需要向当地交警部门报警备案。在报警时，请携带以下材料：

1. 您的身份证明（身份证、行驶证等）。
2. 电瓶车的行驶证、车辆登记证书。
3. 涉嫌被套牌的书面报案材料，包括车辆的违法时间、违法地点、违法行为等详细信息。
4. 电瓶车的照片，前、后、左、右各一张。

在报警备案时，请务必详细说明情况，并提交所有收集到的证据。交警部门将会对您的报案进行调查，并根据实际情况采取相应的措施。

四、配合调查

在报警备案后，您需要积极配合交警部门的调查工作。比如，提供进一步的线索、协助辨认套牌车辆等。同时，也要保持通讯畅通，以便交警部门能够及时与您联系。

五、处理后续事宜

如果交警部门确认存在套牌行为，他们将会对套牌车辆进行查处。在此过程中，您可能需要协助提供一些额外的信息或材料。同时，您也需要关注自己的电瓶车是否被解除了套牌嫌疑，以及是否需要处理因套牌产生的交通违法记录等问题。

总之，发现自己的电瓶车被套牌后，不要慌张。按照上述步骤进行处理，并积极配合交警部门的调查工作，相信问题能够得到妥善解决。