工程审计程序主要包括以下步骤：

1. 制定审计项目计划：审计机关根据国家形势和审计工作实际，对一定时期的审计工作目标任务、内容重点、保证措施等进行事前安排，制定出审计项目计划。

2. 审计准备：

   • 根据审计项目计划确定的审计事项，审计机关将组成审计组。
   • 在实施审计三日前，向被审计单位送达审计通知书。
   • 在特殊情况下，经本级人民政府批准，审计机关可以直接持审计通知书实施审计。
   • 上级审计机关对统一组织的审计项目应当编制审计工作方案，每个审计组实施审计前应当进行审前调查，编制具体的审计实施方案。

3. 审计实施：

   • 审计人员通过审查会计凭证、会计账簿、财务会计报告，查阅与审计事项有关的文件、资料，检查现金、实物、有价证券，以及向有关单位和个人调查等方式进行审计，以取得证明材料。
   • 审计人员向有关单位和个人进行调查时，应当出示审计人员的工作证件和审计通知书副本。

4. 审计终结：

   • 审计组在完成对审计事项的审计后，将向审计机关提出审计组的审计报告。
   • 审计报告报送审计机关前，审计组应当征求被审计对象的意见。被审计单位应当自接到审计报告之日起十日内，将其书面意见送交审计组或者审计机关。
   • 审计机关对审计组的审计报告进行审议，对审计事项作出评价，出具审计意见书。
   • 对违反国家规定的财政收支、财务收支行为，需要依法给予处理、处罚的，审计机关在法定职权范围内作出审计决定或者向有关主管机关提出处理、处罚意见。
   • 审计机关应当自收到审计报告之日起三十日内，将审计意见书和审计决定送达被审计单位和有关单位。审计决定自送达之日起生效。

以上就是工程审计程序的主要步骤，每一步都至关重要，确保了审计工作的合法性和有效性。如果您在审计过程中遇到任何问题或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问，我会尽我所能为您提供帮助。