员工起诉赔偿款在会计处理上，通常会被计入“管理费用”科目。这是因为这笔费用是企业因员工相关事务，如工伤、违约或其他原因而发生的支出，它体现了企业在管理运营过程中对员工权益的保障和因此产生的成本。

具体来说，如果赔偿是由于工伤导致的，那么相关费用可以计入“管理费用 - 工伤赔偿”这一明细科目。这样不仅能清晰反映企业因工伤事故而支付的赔偿费用，还有助于企业进行针对性的成本控制和风险管理。

另一方面，如果赔偿是由于企业违约或其他非工伤原因造成的，那么这笔费用同样应计入“管理费用”，但可以具体设为“管理费用 - 违约赔偿”等明细科目。这样的分类有助于企业更准确地了解赔偿费用的来源和性质，从而做出更合理的财务决策。

在会计处理上，根据赔偿的实际情况，企业会借记“管理费用”科目，同时贷记“银行存款”等相关科目。这样的操作能准确反映企业在员工赔偿方面的支出，便于企业进行财务核算、成本管理和税务申报等工作。

总的来说，将员工起诉赔偿款计入“管理费用”科目是符合会计准则和财务管理要求的，它有助于企业全面、准确地反映员工赔偿方面的支出情况，为企业的财务决策和风险管理提供有力支持。