包工头主张自身工资是否适用《农民工工资保障条例》，需根据具体情况分析。

1. 若包工头属于用人单位的法定代表人、高管或实际控制人：

   • 在这种情况下，包工头通常不被视为普通的“农民工”，而是作为用人单位的管理层或决策者。
   • 因此，其工资支付和保障通常不适用《农民工工资保障条例》中关于农民工工资的特殊规定。

2. 若包工头仅作为承包人或施工人，并不直接参与施工管理或决策：

   • 若包工头以个人名义承包工程，并雇佣其他农民工进行施工，其自身虽也参与劳动，但更多是以承包人身份出现。
   • 在这种情况下，包工头与其他农民工之间形成的是雇佣关系，而非劳动关系。
   • 因此，包工头自身的工资支付可能不适用《农民工工资保障条例》，但应受《合同法》等相关法律法规的调整。

3. 若包工头同时兼具农民工身份：

   • 在某些特殊情况下，包工头可能既承担管理职责，又直接参与施工劳动。
   • 若其能证明自己在某段时间内确实以农民工身份从事了具体的施工工作，且其工资支付存在争议，那么这段时间内的工资支付可能可以参照《农民工工资保障条例》的相关规定。

综上所述，包工头主张自身工资是否适用《农民工工资保障条例》，需根据其具体身份、职责以及工资支付情况等因素进行综合分析。如有进一步疑问或需要具体法律建议，请直接向我咨询。