股东死亡后三年办理股权变更，一般不会因超期被罚款，但需注意相关法律程序和时效问题。以下从不同角度为你详细分析：

1. 罚款的法律依据与适用情形
   根据《公司登记管理条例》第六十八条，罚款通常针对“虚报注册资本、提交虚假材料或采取欺诈手段隐瞒重要事实取得公司登记”等违法行为。股东死亡后未及时办理股权变更，不属于上述法定罚款情形，因此工商部门一般不会直接罚款。但若变更过程中存在伪造文件、虚假登记等违法行为，则可能面临处罚。

2. 股东死亡后的股权变更义务
   股东死亡后，其股权属于遗产，需通过继承程序转移。根据《公司法》第七十五条，自然人股东死亡后，其合法继承人可以继承股东资格；但公司章程另有规定的除外。因此，继承人需在合理期限内（通常建议6个月至1年内）办理股权变更登记，以明确股东身份、保障公司运营稳定。若长期未办理，可能引发以下问题：

   • 公司内部治理风险：如其他股东对继承人资格提出异议，或公司需分红、增资等决策时，未变更的股权可能导致程序瑕疵。
     
   • 工商登记信息滞后：若公司涉及诉讼、融资等对外活动，未更新的股东信息可能影响公司信用或交易安全。
     
   • 税务风险：若股权涉及财产转让（如继承人放弃继承或部分继承），可能需缴纳个人所得税或印花税，逾期未申报可能产生滞纳金，但非“罚款”。

3. “三年后办理”的特殊情形
   若股东死亡后三年才办理变更，需重点关注：

   • 公司章程是否有限制：如章程规定“股东死亡后股权必须3个月内转让”，则继承人逾期未办理可能构成违约，需承担违约责任（如赔偿公司或其他股东损失），但非行政罚款。
     
   • 是否涉及诉讼时效：若其他股东以“继承人未及时行使权利”为由起诉，可能涉及诉讼时效问题（通常为3年），但变更登记本身无“行政处罚时效”限制。
     
   • 工商部门要求：部分地区工商部门可能要求解释延迟原因，但只要材料齐全、程序合法，一般不会拒绝变更或罚款。

建议：

• 尽快与其余股东协商，准备死亡证明、继承公证书、公司章程修正案等材料，向工商部门申请变更登记。
  
• 若涉及复杂继承关系（如多名继承人、遗嘱争议），可先通过继承诉讼明确权利归属，再办理变更。
  
• 如有其他疑问或需进一步协助，可直接向我咨询，我会结合具体案情为你提供详细方案。