骑摩托车违法是否会扣小车驾驶证的分，这主要取决于你的驾驶证类型以及是否具备驾驶摩托车的合法资格。下面我将从不同情况为你详细分析：

1. 驾驶证合并准驾车型的情况：

   • 在我国，驾驶证是按照准驾车型进行合并管理的。如果你通过增驾考试，将小车（如C1驾照）和摩托车（如E照或D照）的准驾车型合并在一本驾驶证上，那么无论你驾驶哪种车型违反交通规则被扣分，都会统一记录在这本驾驶证上。
   • 例如，如果你驾驶摩托车闯红灯被扣6分，这6分会直接记录在你的合并驾驶证上，影响你小车驾驶证的记分情况。驾驶证的总记分周期和满分分值是统一的，即12个月为一个记分周期，满分为12分。当在一个记分周期内记分达到12分时，你需要按规定参加学习和考试，否则将面临驾驶证被暂扣等后果。

2. 仅持有小车驾驶证未增驾摩托车的情况：

   • 如果你仅持有小车驾驶证（如C1驾照），并未增驾摩托车（D或E照），则你并不具备驾驶摩托车的资格。
   • 在此情况下，若你驾驶摩托车被交警查到，将被视为“与准驾车型不符”，这是一种严重的交通违法行为。根据相关规定，你可能会面临罚款、扣分（通常会扣掉你小车驾驶证的9分，依据最新交规实施后的标准）以及摩托车被扣留的处罚。
   • 更为严重的是，如果因此发生交通事故，保险公司可能会拒绝理赔，且你可能需承担刑事责任。

法律建议：

• 为避免不必要的法律风险和损失，我建议你：
  1. 在驾驶任何车辆之前，务必确保自己的驾驶证具备相应的准驾车型。如果你打算驾驶摩托车，应该通过增驾考试获得摩托车准驾资格。
  2. 严格遵守交通规则，不闯红灯、不超速、不酒驾等，以确保自己和他人的安全。
  3. 定期关注自己的驾驶证记分情况，及时处理交通违法记录，避免记分达到满分而面临更严重的处罚。

特殊情形提醒：

• 如果你因驾驶摩托车违法（如醉驾）被查处，且你的驾驶证是合并准驾车型的，那么不仅摩托车驾照会被吊销，小车驾照等其他准驾车型也会受到影响。根据《中华人民共和国道路交通安全法》的规定，醉酒驾驶机动车的，由公安机关交通管理部门约束至酒醒，吊销机动车驾驶证，依法追究刑事责任；五年内不得重新取得机动车驾驶证。

总之，骑摩托车违法是否会扣小车驾驶证的分，取决于你的驾驶证类型和是否具备驾驶摩托车的合法资格。为了确保自己的合法权益和安全，请务必遵守交通规则并持有相应的驾驶证。如果你有任何法律疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。