被告主体不适格时，法院通常会裁定驳回起诉，但具体处理方式需结合案件实际情况及法院审判实践来综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十二条：
- 起诉必须符合下列条件：
- （一）原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；
- （二）有明确的被告；
- （三）有具体的诉讼请求和事实、理由；
- （四）属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。
- 这一条款明确了起诉的基本条件，其中“有明确的被告”是关键之一。如果被告不明确或不适格，将直接影响诉讼的进行。
《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二百零八条：
- 人民法院接到当事人提交的民事起诉状时，对符合民事诉讼法第一百二十二条的规定，且不属于第一百二十七条规定情形的，应当登记立案；对当场不能判定是否符合起诉条件的，应当接收起诉材料，并出具注明收到日期的书面凭证。
- 需要补充必要相关材料的，人民法院应当及时告知当事人。在补齐相关材料后，应当在七日内决定是否立案。
- 立案后发现不符合起诉条件或者属于民事诉讼法第一百二十七条规定情形的，裁定驳回起诉。
- 这一条款进一步明确了立案后发现不符合起诉条件时的处理方式，即裁定驳回起诉。
二、被告主体不适格的具体情形及处理方式
被告不明确或身份信息错误：
- 如果原告在起诉时未能提供被告明确的身份信息，或者提供的身份信息错误，导致法院无法确定适格的被告，那么法院将裁定驳回起诉。
- 例子：甲起诉乙，但提供的乙的姓名、住址等信息均错误，法院无法找到乙进行送达和审理，此时法院将裁定驳回甲的起诉。
被告与案件无关联：
- 如果被告与原告所主张的法律关系并无关联，不应当对原告承担责任，即被告主体不适格，法院在立案后通过实体审理发现这一情况时，应裁定驳回起诉（但实践中也存在判决驳回诉讼请求的观点，需结合具体案情和法院审判实践判断）。不过，从更严谨的角度出发，若法院在立案阶段即能发现被告明显不适格（如被告主体根本不存在），也可直接裁定驳回起诉。
- 例子：甲与乙签订了买卖合同，乙未按合同约定支付货款，甲却起诉了与该合同无关的丙要求支付货款。经审理，法院查明丙与该买卖合同没有关系，此时若法院在立案阶段即能判断丙明显不适格，可直接裁定驳回甲的起诉；若已进入审理阶段，则可能根据具体情况裁定驳回起诉或判决驳回诉讼请求。
被告丧失诉讼权利能力：
- 如果被告在诉讼过程中丧失诉讼权利能力（如自然人死亡、法人或其他组织被注销或撤销），且没有继承人或权利义务承受人继续诉讼，那么法院也将裁定驳回起诉。
- 例子：甲起诉某已注销的公司要求支付货款，但该公司已注销且无权利义务承受人，此时法院将裁定驳回甲的起诉。
三、特殊情况的考虑
行政诉讼中的特殊处理：
- 在行政诉讼中，如果原告所起诉的被告不适格，法院会给予原告机会去更正被告的选择。根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国行政诉讼法〉的解释》的相关规定，人民法院应当告知原告变更被告。
司法实践中的争议：
- 尽管一般原则为裁定驳回起诉（当被告明显不适格时），但在某些特定情况下，如被告身份完全无法确定或根本无法送达诉讼文书等极端情况下，或者案件已进入审理阶段且法院认为判决驳回诉讼请求更为合适时，法院可能会作出其他处理。这取决于具体案件的实际情况及法院的审判实践。
四、建议与总结
建议：
- 当事人在提起诉讼前应尽可能确认被告的适格性，包括被告的身份信息、与案件的关联性以及诉讼权利能力等，以避免不必要的诉讼风险和成本。
- 如果对被告是否适格存在疑问，可以咨询专业律师进行法律分析和判断。
总结：
- 被告主体不适格时，法院的处理方式需结合案件实际情况及法院审判实践来综合判断。一般来说，如果被告明显不适格或身份信息错误导致无法送达和审理，法院将裁定驳回起诉。如果案件已进入审理阶段且法院认为判决驳回诉讼请求更为合适，则可能作出相应判决。因此，当事人在提起诉讼前应谨慎确认被告的适格性，并在诉讼过程中积极配合法院的审理工作。
如有任何进一步疑问或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。