农民工工资保证金应由有相应资质并承包项目的建筑施工企业来缴纳。这些企业作为施工总承包单位，需要按照一定比例缴存工资保证金，以确保农民工工资的支付。

具体来说，工资保证金的缴纳方式包括现金、银行保函以及保证保险。为了减轻施工企业的负担，政策鼓励使用保函或保险来替代现金缴存。这些保函或保险的有效期应至少为1年，并且要超过施工合同约定完工日起90日以上。

关于缴存标准，它通常是根据工程施工合同额的一定比例来确定的。例如，合同额在3亿元以上的，工资保证金存储比例为1%，但存储金额不超过500万元；合同额在3亿元以下的，存储比例为2%，存储金额不超过300万元。不过，也存在一些免缴情形，如省级劳动保障诚信示范单位在全省范围内3年内可免于存储工资保证金等。

当工程项目完工并经验收后，如果未发现拖欠农民工工资的情况，施工企业可以申请退还工资保证金。退还程序包括施工企业申请、经建筑单位核查同意、在施工现场公示后，由住建部门和人社部门书面审查和现场核查，确认无拖欠工资情况后予以退还。

总的来说，农民工工资保证金的缴纳是为了保障农民工的合法权益，确保他们能够及时、足额地获得工资。施工企业应按照规定及时足额缴存工资保证金，并加强账户管理，确保专款专用。